L'équipe de bioinformatique du CRCHUL assure l'analyse des données biologiques et cliniques produites dans le cadre des programmes de recherche, ainsi que l'informatisation et la valorisation des plateformes de génomique et de protéomique du centre de recherche du CHUL.
Sous la direction de Philippe Rigault, l'équipe conçoit et met en œuvre les méthodes d'analyse, les programmes et outils informatiques nécessaires a l'établissement de profils moléculaires, la caractérisation de nouveaux gènes, l'élucidation de fonctions biologiques, l'identification de cibles thérapeutiques, l'élaboration d'outils de détection et de diagnostic, les études génétiques de populations et de pharmacogénomique. Ces informations, issues des nouvelles technologies en génomique et protéomique ouvrent la voie à une approche nouvelle de compréhension de la biomédecine. Les études partent d'un problème défini en concertation avec les cliniciens, pathologistes et biologistes, et la bioinformatique est presente tout au long des phases d'analyse, de modélisation et de validation des résultats. La conception d'outils d'analyse s'appuye à son tour sur des bases de données et des outils logiciels créés par l'équipe et permettant l'intégration des données produites au CRCHUL avec l'immense ensemble de données publiques en génomique et protéomique (séquences de génomes, structures de protéines, classifications fonctionnelles).

L'informatisation des plateformes du centre de génomique consiste en la création de systemes intégrés de gestion de données de laboratoire (LIMS), de pipelines automatisés d'analyse, d'outils de planification d'expériences et d'interfaces pour les gestionnaires et les clients des plateformes.

Les besoins en bioinformatique faisant appel à des compétences dans de multiples domaines théoriques et appliqués, l'équipe multidisciplinaire est composée de professionnels et d'étudiants avec des formations d'ingénieurs, de chercheurs, de programmeurs, de statisticiens et de mathématiciens, qui travaillent en lien étroit avec le personnel de recherche.

L'équipe bioinformatique participe à des grands projets de recherche comme les projets ATLAS (action des hormones stéroides), Arborea (profils et marqueurs moléculaires en foresterie), ainsi qu'à des projets de recherche en endocrinologie moléculaire, oncologie et infectiologie. Les activités de recherche propres à la bioinformatique portent sur l'intégration de données hétérogènes, l'annotation de génomes, l'analyse d'expression des gènes (puces Affymetrix et à oligos, RT-PCR, banques d'EST, SAGE), les méthodes statistiques d'analyse en génomique, le calcul distribué et les technologies du web sémantique.

L'ensemble des activités de bioinformatique s'appuie sur une infrastructure très en pointe, composée de stations de travail et serveurs AMD64/Opteron et SPARC (70 processeurs sur 30 serveurs), d'une grande capacité de stockage (20 Téraoctets sur systemes RAID, réseaux multi-gigabit). L'environnement logiciel est basé sur GNU/Linux et Solaris, avec un environnement de developpement utilisant le bureau KDE et une réutilisation d'outils bioinformatiques publics. Utilisant des pratiques industielles de développement logiciel, le groupe participe activement à la conception de solutions en logiciel libre pour la bioinformatique.